Mongaguá é um nome de origem tupi-guarani que significa 'Enseada de lama pegajosa'. Os índios que viviam às margens do Rio Mongaguá deram este nome ao rio por este não possuir uma foz fixa. O rio que descia encachoeirado da Serra do Mar, ao chegar à planície, empoçava e somente com a cheia, tomava a direção dos ventos, seguindo para o mar ora para um lado, ora para o outro. Este fato acabava por tornar toda a região lamacenta. Naturalmente a região que viria a se desenvolver junto ao Rio Mongaguá, ficaria conhecida por este nome.